Το όνομά του ήταν Γεώργιος και γεννήθηκε στη Δημητσάνα. O πατέρας του ήταν ο Ιωάννης Γκότζιας, χρυσοχόος και αγρότης στο επάγγελμα, ενώ η μητέρα του ήταν η Κανέλα Κουκουζοπούλου.
Οι σπουδές που ακολούθησε ήταν αρχικά στη Δημητσάνα και στη συνέχεια στο Άργος και στη Σμύρνη.
Ο Μητροπολίτης Ναυπλίου Ιάκωβος ήταν εκείνος που πρώτος τον χειροτόνησε διάκονο με το όνομα Γερμανός . Το 1797 πηγαίνει στη Σμύρνη δίπλα στον μητροπολίτη Γρηγόριο, που αργότερα έγινε οικουμενικός πατριάρχης. Ο Γερμανός τον ακολούθησε στην Κωνσταντινούπολη κατά το πρώτο έτος της θητείας του, άλλα και στην εξορία του ένα χρόνο αργότερα στο Άγιο Όρος.
Το 1806 ο Γερμανός χειροτονείται Μητροπολίτης Παλαιών Πατρών. Με τις πράξεις του καταφέρνει να γίνει συμπαθής από τους Έλληνες αλλά και από τους Τούρκους της περιοχής καθώς προσπαθεί με σύνεση να επιλύει τις μεταξύ τους διαφορές.
Στη συνέχεια το 1818 γίνεται μέλος της φιλικής εταιρείας και ξεκινάει τις κινήσεις του έτσι ώστε να βοηθήσει στην οργάνωση της Ελληνικής Επανάστασης.
Πηγαίνει στην Πελοπόννησο το 1821 για να φέρει το μήνυμα του αγώνα στους Πελοποννήσιους. Ο Παλαιών Πατρών Γερμανός ή αλλιώς Παπαφλέσσας ευλογεί το λάβαρο της Επανάστασης στην Αγία Λαύρα. Με την παρουσία των προκρίτων και των θρησκευτικών ηγετών της περιοχής όπου βρέθηκαν εκεί και συμφώνησαν όλοι μαζί για τις κινήσεις τους ως προς τα γεγονότα που ακολούθησαν.
Ο Παπαφλέσσας ήταν ένα πρόσωπο πολύ σημαντικό για την Ελληνική Επανάσταση καθώς ενημέρωνε και εμψύχωνε τους αγωνιστές της. Έκανε αρκετές διπλωματικές κινήσεις ως προς τους φιλέλληνες του εξωτερικού. Μάλιστα για αυτό τον σκοπό ταξίδεψε και διέμεινε για αρκετό καιρό στην Ιταλία.
Ωστόσο, αφού επέστρεψε, βρήκε την Ελλάδα σε εμφύλιο πόλεμο. Ο ίδιος υποστήριξε τους Πελοποννήσιους και αυτό είχε σαν συνέπεια την σύλληψη του από από τους αγωνιστές της Στερεάς Ελλάδας. Όμως στην πορεία προς τη φυλάκιση του τελικά τον απελευθέρωσαν.
Το 1826 εκλέγεται μέλος της 3ης εθνοσυνέλευσης όμως αρρωσταίνει από τύφο και πεθαίνει την ίδια χρονιά. Η κηδεία του έγινε στην Δημητσάνα, στο μέρος που γεννήθηκε και μεγάλωσε.
